慢性便秘可由各种疾病引起，包括功能性疾病、器质性病变及其药物影响。慢性便秘的大部分原因是功能性疾病，包括功能性便秘、功能性排便障碍和便秘型肠易激综合征。其中，功能性便秘更为常见。

引起便秘的器质性病变包括：肠道疾病（结直肠肿瘤、憩室、结直肠手术后、肠扭转、直肠脱垂、痣、肛裂、肛瘘等）、内分泌和代谢性疾病（糖尿病、甲亢或减退、慢性肾病、糖尿病等）、神经内科疾病（自主神经病变、脑血管疾病、痴呆、多发性硬化、帕金森病等）及其肌肉疾病（皮肌炎、硬皮病等）。药物影响主要是指某些药物（钙片、降压药钙离子拮抗剂等）引起的便秘。