正常月经周期运转中，卵巢分泌的性激素直接影响子宫内膜的周期性变化，当卵巢功能失调或有器质性病变时，卵巢分泌的性激素水平低落，子宫内膜就不再发生周期性变化，由此可能发生闭经。由卵巢功能失调或疾患造成的闭经，称卵巢性闭经。以下卵巢病变均会导致闭经：

先天卵巢缺损或发育不良

先天卵巢缺损或发育不良是造成卵巢性闭经的一种情况，比如:卵巢呈条索状无作用实体,或卵巢先天未发育，造成分泌作用不足甚至不分泌。

卵巢作用衰老

假如女性40岁之前闭经，体现为继发性闭经，还伴有更年期症状，这便是卵巢作用衰老引起的卵巢性闭经。病人血里有抵抗卵巢或促性腺素受体的抗体，可能和自身免疫力相关。此外，卵巢组织分泌作用的不足也和卵巢作用衰老相关。

卵巢摘除或组织损伤

卵巢摘除或组织损伤是导致卵巢性闭经的现象之一，两侧卵巢经手术切除或卵巢组织因放射治疗而被破坏，以致周期性变化作用丧失，体现为原发或继发闭经。此外，严重的卵巢发炎，也会因组织损伤而致闭经。

卵巢功能性肿瘤

因为过多雄激素抑止下丘脑一垂体一卵巢生殖轴作用而闭经，或因不断分泌雌激素而抑制了排卵，使于宫内膜生长太长而发生肿瘤造成闭经。该类患者闭经多为暂时性的，可通过降低激素逐渐减轻。